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            基因芯片平臺

            基因芯片平臺

                  Affymetrix GeneChip生物芯片檢測系統,是由高密度GeneChip芯片和試劑,雜交、掃描儀器,數據處理和分析工具組成的一整套檢測平臺,是世界上第一種經歐盟和美國FDA審批的可用作體外診斷的芯片系統。

                    Affymetrix GeneChip芯片系統的硬件平臺由高度自動化的流體工作站、高通量芯片掃描儀,和相關探針序列描述和注釋數據庫等組成。高度自動化的處理減少手工操作時間,提高了數據重復性。配合使用不同類型的芯片,Affymetrix GeneChip芯片系統可用于RNA和DNA檢測的多方面的應用研究。

             

                   Affymetrix芯片采用原位光刻技術和嚴格的流程控制合成高密度基因芯片,可以在每平方厘米基片上合成超過400萬的探針。Affymetrix原位光刻合成技術的原理:先將基片支持物(wafer)羥基化,并用對光敏感的保護基團將羥基基團保護起來。然后選取特制的光刻掩膜(photolithographic mask)覆蓋在基片上,遮擋不需要合成的部位,暴露需合成部位。當光通過蔽光膜照射到基片上,需要合成探針的部位透光,受光照射部位的羥基脫保護而活化。加入3’端活化(5’羥基末端連接光敏保護基團)的單一一種核苷酸單體底物后,發生偶聯反應。在一輪反應之后更換另一張光掩膜控制活化區域,并換另一種核苷酸單體實現在待定位點合成預定序列寡聚體。光掩膜設計和嚴格的工藝流程使制造的芯片具有高質量、高重復性和一致性,也確保了芯片上探針合成的極高密度。

             

                                         
             

            基因芯片類型(科研常用)

                RNA層面: 
                                  mRNA芯片 ——Affymetrix Clariom D array
                                                               Affymetrix Clariom S array
                                                               Affymetrix Primeview array
                                  miRNA芯片 ——Affymetrix miRNA 4.0 array(全物種)
                                  lncRNA芯片 ——Affymetrix  Clariom D array
                                  circRNA芯片 ——Affymetrix Clariom D array

                DNA層面:
                                 SNP/CNV芯片——Affymetrix CytoScan HD array
                                                             Affymetrx CytoScan 750K array
                                 甲基化芯片——— Illumina 850K

            基因表達芯片分類

                    3’IVT芯片只能檢測轉錄本3’端的外顯子,而WT芯片可以檢測轉錄本中所有的外顯子,可以準確反映基因的表達水平,可以分析可變剪接的發生。目前最新版的全轉錄組基因表達芯片是Clariom D 系列——一款神級表達譜芯片,它有三項技術革新:

                    1. 全面檢測——發現編碼基因、lncRNA、環狀RNA、外顯子、microRNA(前體)以及可變剪切信息。
                    2. 快速檢測——輕松快速發現鑒定重要注釋明確的基因與信號通路,實驗周期縮短至1周。
                    3. 大范圍檢測——可對血液、石蠟組織等降解樣本,以及低至100pgRNA的微量樣品進行轉錄組分析,充分挖掘樣本信息。



             

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