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            科研動態

            耳鼻咽喉科專題(二):超經典的高通量 lncRNA 研究

            來源:小博發布時間:2020-07-29

            大家好,今天繼續和大家分享耳鼻咽喉科方面的高通量文章,今天帶來的是一篇 mRNA+lncRNA 聯合研究案例。文章作者依然是首都醫科大學附屬北京同仁醫院的房居高老師課題組。

             

            文章題目:Aberrant Expression Profile of Long Noncoding RNA in Human Sinonasal Squamous Cell Carcinoma by Microarray Analysis

            文章亮點:LncRNA-mRNA 二合一芯片(Affymetrix 品牌)、珍貴的病人樣本、Co-expression 共表達調控網絡、作者構建的獨有 mRNA 信號通路

             

            文章思路:

            1. 頭頸部鱗狀細胞癌是全球第六大最常見的惡性腫瘤,而其中有一種約占所有頭頸鱗狀細胞癌的 3–6% 的,較為罕見的腫瘤,即「鼻竇鱗狀細胞癌(SSCC)」。作者用 1 年零 7 個月的時間,收集了 6 對珍貴的病人樣本,進行了 mRNA+lncRNA 二合一芯片(Affymetrix)檢測。

            2. 重點來了,Co-expression 共表達調控網絡!這個網絡的目的在于,利用 mRNA-lncRNA 實測值,計算共表達皮爾森系數,推斷 lncRNA 調控的基因,從而推斷 lncRNA 的主要功能。是本篇文章聯合 mRNA 和 lncRNA 的關鍵分析工具。

            3. 對 mRNA 部分,進行了常規的基因功能(GO 數據庫)和信號通路(KEGG 數據庫)的富集分析。

            4. 在上一步中的信號通路分析中,差異基因落入很多通路中,出于想做一個大的信號通路,涵蓋本次實驗所有的差異基因,作者構建了獨有的 mRNA 信號通路,并用較大的圓圈,將重點基因進行突出。

            5. 對上述分析網絡中挑選的核心基因,進行了 qPCR 驗證。

            6. 總結,作者通過差異 mRNA 富集分析,找到了一些與腫瘤相關的重要基因 MAPK12, RAPGEF3,  KIT ,同時也找到了一些腫瘤相關的重要通路 microRNAs in cancer, P53 signaling pathway, PI3K-Akt signaling pathway 等。最后通過共表達分析網絡,找到了調控這些基因和通路的重要 lncRNA:NONHSAT125629。

             

            PS: 文章中涉及的基因芯片檢測和數據分析由本公司完成

            原文:Ling-zhao Meng, et al. Aberrant Expression Profile of Long Noncoding RNA in Human Sinonasal Squamous Cell Carcinoma by Microarray Analysis. PMID: 28044124.

             


            北京中康博生物科技有限公司(beijing Cnkingbio Biotechnology Co.LTD)是北方乃至全國最大的 Affymetrix 檢測中心之一,公司以數據分析為特色,整合 Affymetrix 基因芯片、Illumina 二代測序、個性化生物信息分析三項核心服務。立足生命科學,為臨床與基礎研究領域的科學工作者提供分子生物學高端技術服務。

             

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