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            科研動態

            文獻解讀 | 胸外科相關的轉錄組學文章!

            來源:小博發布時間:2020-07-29

             

            客戶單位:首都醫科大學

            中康博提供:

            • NCBI的GEO數據庫中的數據下載

            • 高通量生物信息分析(差異分析,熱圖、功能通路富集分析和全局信號轉導網絡分析)

             

            文章簡介

            以cisplatin為基礎的化療是治療多種實體腫瘤的方法,但其療效在很大程度上受到獲得性耐藥的限制。本文主要通過從GEO數據庫中選取了7個癌細胞系的表達譜數據進行生物信息學分析,來確定與順鉑耐藥相關的基因和通路,以及建立了腫瘤細胞順鉑耐藥調控的信號轉導網絡。本文的特色在于:公共數據的自行挖掘!

             

            數據選擇

            數據選擇包括肺癌細胞系A549和H460,卵巢癌細胞系A2780,口腔鱗癌細胞株KB-3-1和睪丸癌細胞系833K、GCT27和Susa這7組的芯片數據,如下表格所示。

             

            差異分析

            7組數據的聚類圖如下所示。

             

            功能和通路富集分析

            • 分別對7組差異數據進行功能和通路富集分析,這里只展示了部分信號通路分析柱狀圖,如下圖所示。

             

            • 功能富集分析以如下表格形式呈現,只展示了其中一組數據。

             

            全局信號轉導網絡

            將7組差異基因一起做了一張全局信號轉導網絡。7組基因的重復頻率由不同的顏色表示。然后通過表格的形式羅列了網絡中主要的基因。

             

            研究結論

            在這7組癌細胞系中,有許多基因差異表達。它們主要共同參與了85個功能和11條信號通路。通過分析全局信號轉導網絡中所有差異基因的相互作用,其中CTNNB1、PLCG2和SRC這三個基因起比較核心的作用。本研究構建了一種新的差異基因表達模式,后面進一步的研究將為該病的診斷和治療提供新的靶點。


             


            北京中康博生物科技有限公司(beijing Cnkingbio Biotechnology Co.LTD)是北方乃至全國最大的Affymetrix檢測中心之一,公司以數據分析為特色,整合Affymetrix基因芯片、Illumina二代測序、個性化生物信息分析三項核心服務。立足生命科學,為臨床與基礎研究領域的科學工作者提供分子生物學高端技術服務。

             

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