<address id="fjbz3"></address>
            <sub id="fjbz3"></sub>
            <track id="fjbz3"><sub id="fjbz3"><progress id="fjbz3"></progress></sub></track>
            ?
            科研動態

            口腔專題|同一模型不同層面發SCI系列(三)

            來源:小博發布時間:2020-07-29

            根據題目,顧名思義,本次內容其實是圍繞口腔領域的五指山小型豬動物模型展開的相關研究,涉及表達譜研究、甲基化研究和非編碼RNA的研究。這個系列中包含3篇文章,它們的實驗設計都是一樣的,不同的是:在相同的樣本基礎上開展不同層面的研究,這一點還是比較值得借鑒! 該系列中模型、樣本分組信息均如下:動物模型:五指山小型豬下頜第三乳磨牙胚作為研究對象實驗分組:E40、E50、E60分組 ,每個時期三個生物學重復 今天呢,主要介紹基于此設計下非編碼RNA的相關研究!

             

            他來了他來了,他又來了,還是一篇口腔領域的文章,還是五指山小型豬,還是那牙齒發育的三個階段,是不是熟悉的配方,熟悉的味道?不過這回是LncRNA層面的研究。細胞外基質(ECM)不僅支持細胞運動和維持牙胚完整性,在牙齒發育過程中也起非常重要的作用,在之前的mRNA和甲基化文章中均提到了ECM受體通路,這篇文章圍繞的就是LncRNA與ECM的故事。  論文題目:Integrated Analysis of LncRNA-mRNA Coexpression in the Extracellular Matrix of Developing Deciduous Teeth in Miniature Pigs,這篇文章發表在BioMed Research International上。

            樣本選擇:依舊是五指山小型豬下頜第三乳磨牙胚作為研究對象,獲取不同孕期的小型豬胚胎,選取胚胎E40、E50、E60三個時期。因為下頜第三乳磨牙胚在下頜牙列中發育較早,定位比較準確,發育時比較典型,對它進行取材。 初步探索:取E40 、E50、 E60每組3個樣品進行LncRNA測序(聚類圖中E60只有兩個樣本,推測是樣本相關性不好進行了去除),三個階段兩兩之間進行差異篩選,篩選差異LncRNA和差異mRNA,閾值FC (fold change)>2,P-value &FDR <0.05. 下圖上邊是mRNA,下邊是LncRNA,分別是E50 vs E40, E60 vsE50差異基因數量的展示,以火山圖,韋恩圖,聚類圖,柱狀圖列出。

             

            mRNA圖(火山圖、韋恩圖、熱點圖)

             

            LncRNA圖(韋恩圖、柱狀圖、熱點圖)

             

            后期篩選:如何進一步定位牙齒發育過程中的關鍵mRNA和lncRNA呢?1、E50 vs E40, E60 vsE50 差異基因顯著性通路富集,ECM受體P值均小于0.05,而且排名比較靠前。右圖對ECM受體通路內關鍵的基因倍數做了聚類圖的展示。

            顯著性通路富集分析柱狀圖
             

            CM受體通路內關鍵基因的熱點圖

             

            2、分別構建E40 vs E50參與ECM通路的差異基因和E50 vs E60參與ECM通路的差異基因的信號轉導網絡。結果發現E40 vs E50參與ECM通路的核心基因主要功能主要集中在胞外基質的組織,包括黏附,整合素有關的通路;E50 vs E60參與ECM通路的核心基因參與胞外基質的解體,膠原蛋白的分解和結構的形態形成。

             


             

            3、LncRNA-mRNA的共表達網絡,構建與參與ECM通路相關的mRNA的LncRNA-mRNA調控網絡LOC102165705, LOC102164777, LOC100516145與ECM通路有關的基因(TNR, SV2A, ITGB7, ITGB1, ITGB8, VTN, GP5, GP9, THBS3, ITGA3, ITGA9, GP1BA, LAMA2, LAMA4, LAMC3, and CHAD)。

             

            思路匯總:通過思路圖再回顧下整個流程,從前期樣本收集—lncRNA+mRNA檢測—數據分析挑選出關鍵通路ECM—全局信號轉導網絡篩選出ECM通路相關的關鍵mRNA——共表達網絡篩選出ECM通路相關的關鍵lncRNA。 

             

            研究結論:

            LncRNA在牙齒發育過程中,在ECM途徑中發揮了非常的作用。LncRNA通過調節一些關鍵性的基因和ECM的關鍵組分可以階段性改變ECM過程,不同階段LncRNA表達量也不一樣。階段性的ECM重塑為以后仿生支架在牙齒組織工程運用提供了基礎??上Я诉@篇文章沒有做驗證,不然影響因子肯定更好。


            廣告時間:

            LncRNA+mRNA高通量檢測服務! 有需要的小伙伴歡迎咨詢!
              

            北京中康博生物科技有限公司(beijing Cnkingbio Biotechnology Co.LTD)是北方乃至全國最大的Affymetrix檢測中心之一,公司以數據分析為特色,整合Affymetrix基因芯片、Illumina二代測序、個性化生物信息分析三項核心服務。立足生命科學,為臨床與基礎研究領域的科學工作者提供分子生物學高端技術服務。

             

            ?
            <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <蜘蛛词>| <文本链> <文本链> <文本链> <文本链> <文本链> <文本链>